A história da Justiça Militar Estadual nos mostra que, antes mesmo da Lei Estadual nº 2.856, de 8 de janeiro de 1937, que calcada na Lei Federal nº 192, de 17 de janeiro de 1936, criando a Justiça Militar, São Paulo já possuía um incipiente ordenamento castrense, não integrado ao Poder Judiciário.
Desde 1892 havia no Estado de São Paulo a Auditoria da Força Pública, composta de um Auditor e de Conselhos de Justiça. As decisões do órgão eram revistas pelo Presidente do Estado, cargo que corresponde ao atual Governador de São Paulo. A situação perdurou até o ano de 1936. Com o advento da Lei Federal nº 192, de 17 de janeiro daquele ano, foi criada a Justiça Militar nos Estados. O Governo do Estado, através da Lei Estadual nº 2.856, de 8 de janeiro de 1937, criou o Tribunal de Justiça Militar, com a denominação de Superior Tribunal de Justiça Militar.
No dia 23 de fevereiro de 1937, foram nomeados os primeiros Juízes do Tribunal; Dr. Romão Gomes, que fora Consultor Jurídico da Força Pública, Dr. Mário Severo de Albuquerque Maranhão, Auditor, e Cel PM Arlindo de Oliveira, Comandante Geral da Força Pública, ocorrendo a posse, precedida de compromisso legal dos nomeados, na mesma data. Em 25 de fevereiro de 1937, na presença do Governador do Estado, o Tribunal foi oficialmente instalado, em sede provisória, no prédio da antiga Caixa Beneficente da Força Pública, na Rua Alfredo Maia nº 34. O primeiro Presidente do Tribunal, para o biênio de 1937/1938, foi o Cel PM Arlindo de Oliveira. Em 16 de maio de 1937 foi empossado o primeiro Procurador, Dr. Manuel Francisco Pinto Pereira.
Foto de 25 de fevereiro de 1937 registrando a instalação do Primeiro Tribunal de Justiça Militar na antiga sede da Caixa Beneficente da Força Pública. Vê-se ao centro, da esquerda para a direita, seus primeiros integrantes, Juiz Coronel ARLINDO DE OLIVEIRA, Juiz SEVERO DE ALBUQUERQUE MARANHÃO e Juiz ROMÃO GOMES.
O Tribunal foi transferido em 1942, ainda em sede provisória, para o prédio da Av. Tiradentes nº 822, passando mais tarde para o edifício da Alameda Eduardo Prado nº 742. Em 1947 com a criação do Departamento Jurídico do Estado, através do Decreto-lei nº 17.330 de 1947, passaram a funcionar na Justiça Militar do Estado como advogados de ofício, exercendo funções de Juiz Auditor ou Promotor, os advogados ali classificados, nos termos do citado estatuto legal.
No ano de 1948 a composição do Tribunal de Justiça Militar passou de três para cinco juízes com a criação de dois cargos de Juiz Militar, conforme a edição da Lei nº 73, de 21 de fevereiro de 1948.
Em 28 de dezembro de 1954, foi promulgada a Lei nº 2.939, que elevou para sete o número de juízes no Tribunal, sendo quatro civis e três militares. A mesma norma legal introduziu alterações na estrutura do órgão, que passou a funcionar no regime de câmaras, em número de duas, cada uma com três juízes; a presidência da Primeira Câmara Criminal coube ao Vice-Presidente do Tribunal e a Segunda ao juiz mais antigo.
Em 28 de agosto de 1957 foi promulgada a Lei nº 4.086, pela qual se inseriu no Quadro da Justiça Militar os cargos de Juiz, Procurador, Juiz Auditor, Promotor, Secretário e Escrivão da Justiça Militar. Também ficou determinado que a realização dos atos administrativos de competência do Poder Executivo atinentes ao Tribunal de Justiça Militar seria feita pela Secretaria da Justiça.
A Lei nº 5.048, de 22 de dezembro de 1958, reorganizou a Justiça Militar do Estado sem, entretanto, modificar a composição do Tribunal. Consolidou a legislação esparsa e criou o Quadro da Secretaria do Tribunal, visando ao melhoramento dos serviços administrativos com a nomeação de funcionários efetivos. A medida objetivou a realização dos serviços da Justiça que eram prejudicados em face da constante vazão dos auxiliares militares, sujeitos a remoções impostas pelos regulamentos de sua corporação.
A sede do Tribunal, também provisória, esteve localizada na Av. Angélica nº 1696, sendo posteriormente transferida para a Rua Venceslau Brás nº 67, em 1967, onde passou a funcionar juntos o Tribunal e as Auditorias.
Tendo a Constituição do Estado de 1969 - Emenda nº 2, de 30 de outubro de 1969, extinguido dois cargos de juiz, a composição do Tribunal de Justiça Militar foi alterada e passou a contar com cinco juízes, sendo três civis e dois militares. Foi abolido o sistema de Câmaras, estabelecido pela Lei nº 2.939, de 28 de dezembro de 1954, e o Tribunal passou a funcionar em sua composição plenária.
Devido à sobrecarga dos serviços judiciais, advinda da criação da Polícia Militar, oriunda da fusão da Força Pública com a Guarda Civil de São Paulo, foi criada a Segunda Auditoria pelo Decreto-lei nº 252, de 29 de maio de 1970, concluindo-se a sua instalação em 18 de agosto de 1970.
Para dar vazão ao elevado número de feitos em tramitação na Primeira Instância, o Tribunal obteve do Poder Executivo a promulgação da Lei nº 9, de 31 de agosto de 1972, que autorizou a convocação, pelo Presidente, de Conselhos Extraordinários de Justiça, o que se verificou a partir de 17 de setembro de 1972.
Através da Lei nº 104, de 11 de junho de 1973, foi prorrogada, por mais um ano, a vigência dos Conselhos Extraordinários e realizados concursos para o preenchimento dos cargos de Juiz Auditor da Primeira Auditoria, Promotor e Escrivão da Segunda Auditoria.
Pela Lei nº 333, de 8 de julho de 1974, foi dado um passo decisivo para o estabelecimento da infra-estrutura da Justiça Militar Estadual. Foram criadas a Terceira e Quarta Auditorias, sendo que a Terceira Auditoria passou a funcionar em substituição aos Conselhos Extraordinários, cujo prazo de vigência expirava. Além dos cargos de Juiz Auditor, Promotor, Escrivão e Escrevente, destinados às novas auditorias, foram criadas diretorias, seções, setores e demais cargos, inclusive um de Juiz Auditor Auxiliar de Correição, um de Promotor e um de Promotor Substituto de Segunda Instância, necessários para o desenvolvimento dos trabalhos judiciais e administrativos do Tribunal. Foram aproveitados os funcionários efetivos da Secretaria do Tribunal para o preenchimento provisório, até o provimento do efetivo, de cargos de direção e chefia.
Dada a exigüidade do prédio-sede na Rua Venceslau Brás nº 67, não foi possível a tomada de providências preconizadas na Lei nº 333/74, tendo sido nomeados, a título precário, enquanto não se realizassem os competentes concursos, servidores indispensáveis ao desenvolvimento dos trabalhos judiciais, cartoriais e administrativos.
Foto tirada em 12 de janeiro de 1976, durante a cerimônia de inauguração do novo edifício sede do Tribunal de Justiça Militar do Estado de São Paulo.
Conforme Decreto nº 5.677, de 25 de fevereiro de 1975, foi adquirido pela Fazenda do Estado, com a finalidade de servir a Justiça Militar depois de procedidas as necessárias reformas e adaptações, o imóvel situado na Rua Dr. Vila Nova nº 285.
Foto da fachada atual do edifício sede do Tribunal de Justiça Militar do Estado de São Paulo, na Rua Doutor Vila Nova, 285.
Em 12 de janeiro de 1976, houve a inauguração da sede-própria da Justiça Militar Estadual, com a presença do Excelentíssimo Governador do Estado, Paulo Egydio Martins, onde funcionam as quatro Auditorias (1ª Instância) e o Tribunal (2° Grau).